据南京博物院研究员赵启斌和南京雨花石收藏家周德麟考证，先秦时代，雨花石已被作为珍异之物进贡朝廷，具有“贡品”性质。汉魏六朝时期，雨花石作为珍宝受到上流社会重视，具有“奢侈品”的性质，“天降花雨”之说更为其蒙上一层神秘色彩，在六朝大墓中，雨花石作为陪葬品时有出土。晚唐五代，雨花石则常以“嫁妆”、“彩礼”等形式在上流社会出现。在南京开店经营雨花石者曾经不下数十家，价格也非常昂贵：“一石数金”、“索价过昂，令人咋舌”，一枚精品雨花石往往要花费百元大洋才能成交，折算下来，一枚雨花石要值今天数万元人民币。
雨花石收藏曾一度降至“冰点”。雨花石的价值也在相当长的一段时间内被人忽视。改革开放后，雨花石收藏热重新兴起，但几十年的文化“断层”导致雨花石出现不应有的“贱卖”现象，最典型的就是夫子庙、中山陵一带“十块钱抓一把雨花石”的奇闻。南京雨花石协会会长戴宗宝对此痛心疾首：“雨花石怎么可能10块钱抓一把？简直是暴殄天物！”他说，“10块钱抓一把”的“雨花石”，大多是鱼目混珠，那根本就不能叫雨花石。“10块钱抓一把”的所谓雨花石，一般是五彩抛光石，有的就是普通鹅卵石，更有甚者竟用“人造石”冒充雨花石。这些行为都极大地损害了雨花石的形象和声誉。
近年来，随着雨花石收藏热的升温和雨花石知识的普及，雨花石的价格也开始理性回归。据周德麟先生搜集的资料，1985年，精品石已可以卖到几十元一枚了。到20世纪80年代末期，在南京雨花石市场上，精品石可以卖到400元。20世纪90年代至今，一枚精品石可以卖到数千元至数万元不等，数十万元到近200万元的价格也已经出现。而藏家手中更多精品雨花石则“深藏不露”。因为虽然30年来雨花石的价格已经飙涨了5000倍，但对比历史上雨花石的价格，升值空间还大着呢。
